首先公司注册名称和商标注册名称不是一回事，注册的时候不一致是可以的。
公司注册名称一般有四部分组成：行政区划+字号+行业特点+组织形式。注册商标是商品的生产者、经营者在其生产、制造、加工、拣选或者经销的商品上或者服务的提供者在其提供的服务上采用的，用于区别商品或服务来源的，由文字、图形、字母、数字、三维标志、声音、颜色组合，或上述要素的组合，具有显着特征的标志，是现代经济的产物。
服务商标仅区别不同的服务出处，企业名称则可以识别不同企业的经营，包括服务和商品。一个企业可以有多个服务或商品的商标，但企业名称一般只有一个。
公司注册名称由省级工商管理局进行核准，一般以“行政区划+企业字号+企业类型”形式组成。由于公司注册名称一般由各省工商管理局管理，又有“行政区划”的前置区分，所以“跨省重名”是合法的，这与“注册商标全国范围内的排他性”有别。
这就造成同名企业争夺“同一商标文字”的情况，所以后来者即使企业名称被核准，但商标依然无法注册。
想要注册商标，一般都先注册公司，也就是说，公司名称核准永远在商标注册之前，商标注册需要一年多时间，所以你注册完公司，很可能，商标早已经被别人注册了，这也是公司名称和商标注册不一致的重要客观因素。
客观上来说，商标注册成功率比公司名称核准通过率要低很多。