出资不清晰、资产权属不明确、个人财产和公司财产混同
很多公司在原有门店、厂等个体工商户或者其他形式经营后整体资产注入后登记设立的，但是在设立之初，很多投资人并不清楚非货币资产出资的概念和操作方法，往往在工商局登记为货币出资草草注册成立。
这样的做法存在的问题就是：
（1）公司价值被低估，实际投入公司的各项财产价值未能被计算在内；
（2）投资人重复履行出资义务，甚至在进行股权交易时面临补缴出资的责任；（3）公司财产和个人财产，以及原投资主体财产混同，难以区分，甚至导致投资人对公司债务承担连带责任。
尤其是公私财产混同。根据《公司法》的规定，有限责任公司具有独立的法人地位，以公司财产对外承担责任，拥有股东身份的投资人也仅仅以己方在公司的出资额为限承担责任。对于投资人来讲，公司就是天然的投资风险隔离屏障，但是很多投资人并不是很清楚这一点，往往存在出资不实、股东财产和个人财产混同的情况，公司一旦资不抵债，个人也因此被主张连带责任，陷入困境。
正确的方法是，在公司设立时将投资人注入的非货币资产进行资产评估，合理确定资产评估价值，再以非货币资产出资入股的方式履行出资义务、进行工商变更登记，以及非货币资产的交付与产权变更登记（如果存在产权登记的情况）。必要时可以委托专业机构出具验资报告。这样的方法同样也适用其他投资人以非货币资产出资入股设立公司或对公司增资扩股的情形。